138 papers
Deze studie toont aan dat actieve machine learning-gestuurde habitatreconstructie een equivalente fitnessstijging bij bacteriën kan bereiken als evolutionaire genmutaties, wat aantoont dat ecologische aanpassing genetische beperkingen kan opheffen.
HiMaLAYAS is een Python-pakket dat post-hoc verrijking gebaseerde annotatie mogelijk maakt voor hiërarchisch geclusterde matrices door clusters als statistische eenheden te behandelen en significante annotaties visueel naast de matrix te renderen.
Deze studie toont aan dat de toediening van een nieuw monoklonaal antilichaam dat CD160+ cellen (waaronder NK-cellen) depleteert, de verslechtering van de hartfunctie bij muizen met auto-immuun myocarditis volledig voorkomt, wat suggereert dat het blokkeren van meerdere ontstekingspaden een veelbelovende therapeutische strategie is.
Deze studie introduceert een Python-pakket genaamd mdsa-tools dat, door gebruik te maken van netwerkanalyses en ongesuperviseerde machine learning op moleculaire dynamica-simulaties, onthult hoe mutaties in het ribosomale CAR-gebied langafstands-allosterische effecten veroorzaken die de interacties in het peptidyl- (P-) en aminozuur- (A-)site beïnvloeden.
Deze studie gebruikt een geïntegreerde MultiOmics-analyse van longen en spieren van zeehondjes met een slechte longgezondheid om moleculaire handtekeningen en verstoorde biologische paden te identificeren die inzicht geven in de systemische effecten van antropogene stressoren en potentiële biomarkers voor gezondheidsmonitoring bieden.
Dit onderzoek toont aan dat de competitie tussen mitochondriale en cytosolische ribosomen in gist een bistabiele metabole schakelaar creëert die bepaalt of cellen fermenteren of respireren, waarbij de verhouding tussen de synthese-snelheden van mitochondriale en cytoplasmatische eiwitten de overgang tussen deze twee epigenetische toestanden reguleert.
Dit onderzoek analyseert hoe onzekerheid in parameters en modelaannames de voorspellingsvariabiliteit van fysiologisch gebaseerde farmacokinetische (PBPK) modellen voor weefselblootstelling beïnvloedt, waarbij wordt vastgesteld dat deze variabiliteit sterk afhankelijk is van molecuuleigenschappen en dat er aanzienlijke modelonenigheid bestaat voor lipofiele, geprotoneerde moleculen.
Dit artikel introduceert een bimodale koppelingsstrategie waarbij biologische systemen, zoals hartslag-respiratie en pancreatische isletten, dynamisch wisselen tussen een gesynchroniseerde, energie-efficiënte modus en een desynchroniseerde, functioneel prioritaire modus om te balanceren tussen energiewinst en functionele vraag.
Deze studie introduceert een bottleneck-gevoelig raamwerk voor glykaanbereikbaarheidsanalyse dat, in tegenstelling tot traditionele binaire drempelmethoden, kwantitatieve transcriptoomdata gebruikt om de weefsel-specifieke biosynthetische potentie van glykanen nauwkeuriger te voorspellen.
In een gerandomiseerd, placebogecontroleerd fase 0/1b-onderzoek bij gezonde volwassenen bleek een nieuwe orale formulering van LNAD+ binnen vijf dagen de intracellulaire NAD+-spiegels significant te verhogen en de metabolische flux te stimuleren zonder de circulerende NAD+-spiegels te beïnvloeden, met een zeer gunstig veiligheidsprofiel.
Dit artikel presenteert een nieuwe modelgebaseerde aanpak die heterogene in-vitrogegevens over GLP-1R-agonisten integreert om tegenstrijdigheden op te lossen en een verenigde, klinisch relevante conclusie te trekken over het werkingsmechanisme van exenatide.
Deze studie toont aan dat de aminozuursamenstelling van menselijke metabole enzymen niet wordt bepaald door één kostenminimalisatieprincipe, maar door een meervoudig economisch systeem dat bestaat uit kostenbesparing, handel en internalisatie van externaliteiten, wat leidt tot het ontstaan van aminozuur-archetypen die specifiek zijn voor meercellige organismen.
Dit artikel toont aan dat de aanwezigheid van een groot aangesloten component in mitochondriale netwerken waarschijnlijk het gevolg is van combinatorische beperkingen die voortvloeien uit de prevalentie van drie-weg vertakkingen, en niet noodzakelijkerwijs uit specifieke biologische functies.
Deze studie biedt een geïntegreerde pan-kanker proteogenomische analyse van het ubiquitine-proteasomesysteem die, via de introductie van het interactieve platform UbiDash, klinisch relevante E3-ubiquitine-ligases en mutatiegedefinieerde proteostatische afhankelijkheden identificeert voor therapeutische prioritering.
Dit paper introduceert MINGL, een probabilistisch framework dat bestaande buurtannotaties omzet in continue maatstaven voor weefselarchitectuur door natuurlijke gradiënten, heterogeniteit en grenzen in multicellulaire weefsels te kwantificeren in plaats van ze te negeren.
Deze studie identificeert een CDK1-CDKN1A-WEE1-netwerkknelpunt dat ontstaat door de koppeling van celcyclus- en EMT-trajecten en verantwoordelijk is voor gemcitabine-resistentie in 3D PDAC-weefselmodellen, een bevinding die wordt bevestigd door analyse van een groot patiëntenatlas.
Dit artikel introduceert VIOLIN, een modulier en configureerbaar Python-framework dat automatisch gegenereerde moleculaire interacties uit wetenschappelijke literatuur op een schaalbare manier reconcileert met bestaande kennisgrafen door ze te classificeren als bevestiging, contradictie, gemarkeerd geval of uitbreiding.
Dit onderzoek toont aan dat de lever van muizen, zowel tijdens vasten als bij obesitas, thermodynamische robuustheid behoudt door grote schommelingen in metabolietconcentraties te bufferen, wat een efficiënte overstap tussen glycolyse en gluconeogenese mogelijk maakt.
Deze paper introduceert NeighborFinder, een R-pakket dat een computerefficiënte en biologisch intuïtieve methode biedt om lokale microbiele netwerken rondom specifieke soorten van belang te infereeren, in plaats van computerverzwarende globale netwerken te reconstrueren.
Deze studie presenteert een grafgebaseerde machine-learningbenadering die de effecten van genperturbaties op moleculaire fenotypes voorspelt, waardoor kostbare experimenten kunnen worden geminimaliseerd en nieuwe biologische inzichten kunnen worden verkregen.