📄 Category

systems biology

135 papers

Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.

Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.

📄 systems biology

Projection criteria and information risks forzero-dimensional biological dynamics across molecular,epidemic, and ecological systems

Deze studie stelt vast dat de exactheid van het projecteren van ruimtelijke stochastische biologische systemen op nuldimensionale telgebaseerde modellen afhangt van een geaggregeerde raten-lumpbaarheidsvoorwaarde, en demonstreert dat informatie-theoretische risico's afgeleid van ruimtelijke correlaties dienen als robuuste, overdraagbare diagnostica voor het voorspellen van het praktische falen van dergelijke mean-field benaderingen over moleculaire, epidemische en ecologische schalen.

Oosawa, C.2026-08-10
📄 systems biology

Improved Metabolic Flux Estimations through Compositional Data Analysis

Dit artikel stelt een compositioneel data-analyseframework voor en valideert dit voor Isotoop Metabole Flux Analyse (I-MFA), dat isometrische log-ratio-transformaties gebruikt om standaard Euclidische afstandsberekeningen te vervangen, waardoor schattingsfouten aanzienlijk worden verminderd en betrouwbaarheidsintervallen worden verkleind in vergelijking met traditionele methoden.

Carlsen, A. S., Chen, T., Cowie, N. L., Brinch, C., Groves, T., Nielsen, L. K.2026-08-10
📄 systems biology

Deep Mechanistic Models reveal pathway-extrinsic drivers of mammary MAPK signalling heterogeneity

Dit artikel introduceert Deep Mechanistic Models (DMM's), een raamwerk dat semi-gecontroleerd representatieleer integreert met gewone differentiaalvergelingsmodellen om te onthullen dat de heterogeniteit in de mammarie MAPK-signalering primair wordt gedreven door pathway-extrinsieke factoren in plaats van kernpathway-variaties, terwijl het tegelijkertijd modeldiscrepanties gebruikt om nieuwe biologische mechanismen te identificeren.

Fabrini, G., Froehlich, F.2026-07-31
📄 systems biology

Covariant Biochemical Systems Theory: cBST1~cBST3 Descriptors and Quantitative Validation

Dit artikel introduceert een covariante hiërarchie van descriptoren (cBST1–cBST3) voor de Biochemical Systems Theory die coördinat consistentie waarborgt onder niet-lineaire herparametrisaties en demonstreert door middel van kwantitatieve validatie op gistglycolysemodellen dat deze hogere-orde termen de benaderingsfouten significant verminderen en het afkapgedrag accuraat voorspellen in vergelijking met klassieke methoden.

Oosawa, C.2026-07-29
📄 systems biology

Structural characterization of stochastic detailed balance in chemical reaction networks

Dit artikel karakteriseert systematisch de volumeafhankelijkheid van stochastische gedetailleerde balans in chemische reactienetwerken door een vierde classificatie te introduceren, die onderscheid maakt tussen parameterafhankelijke en structureel afgedwongen balans, en identificeert netwerkklassen die gedetailleerde balans voor alle volumes en reactieconstanten vervullen terwijl ze de constructie van systemen met dubbelwel-globale potentialen mogelijk maken.

Ma, S., Li, Y.2026-07-28
📄 systems biology

Proteome-wide QTL mapping enables gene-protein-phenotype metabolic network construction in a genetically diverse MASLD mouse model

Door diepe proteomische profilering te integreren met QTL-mapping in een genetisch divers muismodel van MASLD, construeert deze studie een uitgebreid gen-eiwit-fenotype netwerk dat de E3-ubiquitine ligase Ubr1 identificeert als een centrale regulator die proteostase en lipidenmetabolisme verbindt met ziektegevoeligheid.

Robinson, M. L., Benegiamo, G., Liu, W., Williams, M. T., Smith, G. I., Klein, S., Auwerx, J., Coon, J. J.2026-07-28
📄 systems biology

Unlocking substrate specificities of human solute carrier proteins using untargeted metabolomics

Deze studie introduceert een schaalbaar, niet-doelgericht metabolomica-platform gebruikmakend van Xenopus-oöcyten geïncubeerd in humaan serum om succesvol vijf menselijke solute carrier-eiwitten te deorphaniseren en hun substraatspecificiteiten te karakteriseren, waarbij bekende substraten werden teruggevonden en nieuwe getransporteerde metabolieten werden geïdentificeerd.

Zhang, Y., Stanchev, L. D., Schulz, F. C., Rago, D., Acevedo-Rocha, C. G., Santos Delgado, A., Kell, D. B., Borodina, I.2026-07-28
📄 systems biology

Interplay between store-operated calcium entry and mitochondrial phosphate handling modulates force and fatigue during exercise

Deze studie maakt gebruik van een kwantitatief biofysisch model om aan te tonen dat store-operated calcium entry (SOCE) de kracht van de skeletspieren tijdens weerstandstraining verhoogt door de calciumrelease te handhaven, maar vermoeidheid kan verergeren tijdens intensieve training door fosfaataccumulatie, een afweging die wordt gemoduleerd door mitochondriale fosfaatopname.

Francis, E. A., Hamid, J., Kumar, A., Rangamani, P.2026-07-24
📄 systems biology

Quantitative Description of C. elegans mRNA Landscapes From High Coverage Single Cell Transcriptomes

Deze studie introduceert een nieuwe gesuperviseerde clustering-aanpak voor single-cell RNA-sequencing-data met een hoge dekking om de mRNA-landschappen van *C. elegans* kwantitatief te karakteriseren, waarbij ongekende celtype-specifieke genexpressieprogramma's worden onthuld en nieuwe weefselbeperkte genen worden geïdentificeerd die voorheen ondetecteerbaar waren bij lagere dekkingsdrempels.

Bernard, F., Kandel, E., Dargere, D., Cornes, E., Dupuy, D.2026-07-21